Скорее всего, износ шестерней первичного и вторичного валов в КПП. Возможно, нужно посмотреть подшипники. Хочешь устранить - езжай на переборку КПП. Не хочешь - музыку погромче. Шум потому, что, даже на холостом ходу, когда педаль сцепления отпущена, двигатель соединен с коробкой, и большая часть шестеренок в коробке вращается. Когда выжимаешь - разъединяешь КПП и двигатель, шестерни перестают вращаться - шума нет. У моего знакомого, кстати, подобная болячка решилась лишь только после замены корпуса коробки.